明治元年の戊辰の役において加賀藩の108名が戦死し、
明治3年、卯辰山に招魂社が造営され、その戦没者のみたまを祀ったのが創まりです。

以来、西南の役、日清日露の両戦役、支那事変（日中戦争）、大東亜戦争までの英霊、44,929柱を合わせ祀ってあります。
（第九師団管下の富山・福井・岐阜・滋賀県出身の英霊約14,000柱を含む）

昭和10年に卯辰山の招魂社から出羽町練兵場の一部である現在地に遷座されました。
遷座にあたって、石川県・第九師団・県下市町村その他有志により奉賛会が組織され、
2年半の歳月を費やして境内地を造成、本殿以下社殿及び工作物が造営されました。

昭和14年に社名が現在の石川護國神社と改称されました。

昭和59年に御遷座50年記念大祭、平成27年に終戦70年臨時大祭、
令和2年に御創立150年記念大祭など、節目において執行されております。